Молекуларно моделирање во органската хемија и биохемијата

1.

Наслов на наставниот предмет

МОЛЕКУЛАРНО МОДЕЛИРАЊЕ ВО ОРГАНСКАТА  ХЕМИЈА И БИОХЕМИЈАТА

2.

Код

ХЕМ-953-23

3.

Студиска програма

ХЕМИЈА

4.

Организатор на студиската програма (единица, односно институт, катедра, оддел)

Институт за хемија

5.

Степен (прв, втор, трет циклус)

Втор

6.

Академска година / семестар

I или II семестар

7.

Број на ЕКТС кредити

6

8.

Наставник

Проф. д-р Љупчо Пејов

9.

Предуслови за запишување на предметот

 

10.

Цели на предметната програма (компетенции):
Запознавање со основните методи за молекуларно моделирање во органската хемија и биохемијата.

11.

Содржина на предметната програма:
Вовед. Емпириски методи за пресметување. Молекуларна механика. Семи-ем­­прис­ки методи. Локален и глобален енер­гет­ски минимум, бранови функции, Hartree-Fock бранови фун­кции, техники и методи за пресметување. Оптимизирање на геомет­ри­ја­та. Поваж­ни мето­ди за оптимизирање. Параметри за семи-емпи­риските методи. Поважни типови сило­ви поли­ња и нивна примена. Основни поими од квантната хемија (Хамилтонијан, атомски орбитали, системи со повеќе електрони, молекулски орбитали, теорија na Harttee –Fock, базисни сетови, и др.). Различни апроксимации за квантно-механички пресме­ту­вања. Моле­ку­ларна динамика. Примери за симулација на молеку­лар­ната динамика. Определување на молекуларни пара­мет­ри. Молекулрани својства на органските молекули и биомолекулите (полнежи, електро­стат­ски потенцијал и др.). Конформациона анализа на органски сое­ди­не­ни­ја и биомолекули. Анализа на конформацијата на различни системи од органски моле­ку­ли и биомолекули (конформација на алканите и цикололакни, органски соединенија со повеќекратни врски, азотни органски соединенија и др.). Анализа на конформационите промени на биомолекулите (протеини, нуклеински киселини и јаглехидрати). Моделирање на органски реакции. Примена на квантно-механичките методи за испитување на реактивноста и селкетивност (динамичка метода, Хикелова теорија за ароматичност, гранични орбитали, семием­пириски и ab initio теории за раскинување и образување на врски, површини на потенцијална енергија и моделирање на преодна состојба, испитување на влијанието на растворувачот и други карактеристики ). Методологија за испитување на соединенија со голе­­ми молекулски молекулски маси (метода на сфери, наоѓање на активни центри, испи­ту­вање на примарна, секундарна и други нивои на структури на макромолекулите, анализа на хомологија на низите и др.). Молекуларно-механички прес­ме­ту­ва­ња за големи моле­кули (јаг­ле­хидрати, протеини и нуклеински киселини). Принена методите за моделирање за анализа на карактеристиките на биомолекулите (наоѓање на активни центри и џепови, класификација според хрофобност или хидрофилност и др.). Примена на семиемприските методи и аб инитио методи за пресметувања на кај биомолекулите низ примери. 

12.

Методи на учење: 

13.

Вкупен расположив фонд на време

180

14.

Распределба на расположивото време

30+60+15+15+60

15.

Форми на наставните активности

15.1.

Предавања- теоретска настава.

30

15.2.

Вежби (лабораториски, аудиториски), семинари, тимска работа.

60

16.

Други форми на активности

16.1.

Проектни задачи

15

16.2.

Самостојни задачи

15

16.3.

Домашно учење - задачи

60

17.

Начин на оценување    

17.1.

Тестови

 

17.2.

Индивидуална работа/проект (презентација: писмена и усна)

 

17.3.

Активност и учество

 

18.

Kритериуми за оценување (бодови/ оценка)

до 50 бода

5 (пет) (F)

51 до 60 бода

6 (шест) (E)

61 до 70 бода

7 (седум) (D)

71 до 80 бода

8 (осум) (C)

81 до 90 бода

9 (девет) (B)

91 до 100 бода

10 (десет) (A)

19.

Услов за потпис и полагање на завршен испит

Следење на предавања и консултации

20.

Јазик на кој се изведува наставата

Македонски

21.

Метод на следење на квалитетот на наставата

анонимна анкета
разговор со студентите

22.

Литература

22.1.

Задолжителна литература

Ред. број

Автор

Наслов

Издавач

Година

1.

J. B. Foresman and Aeleen Frisch

Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods: A guide to Using Gaussian 

Gaussian, Inc.

1993

2.

W. J. Hehre, L. D. Burke, A.J. Shusterman and W. J. Pietro

Experiments in Computational Organic Chemistry

Wavefunction, Inc.

1993

3.

 

 

 

 

4.

 

 

 

 

5.

 

 

 

 

22.2.

Дополнителна литература

Ред. број

Автор

Наслов

Издавач

Година

1.

 

 

 

 

2.

 

 

 

 

3.

 

 

 

 

    Предметот е вклучен во следните насоки:


    Следни испити од овој предмет:

    Материјали

© 2024. Институт за хемија, ПМФ, УКИМ, Скопје.