Протеин-лиганд интеракции

1.

Наслов на наставниот предмет

Протеин-лиганд интеракции

2.

Код

ХЕМ-968-23

3.

Студиска програма

ХЕМИЈА

4.

Организатор на студиската програма (единица, односно институт, катедра, оддел)

Институт за хемија

5.

Степен (прв, втор, трет циклус)

Втор

6.

Академска година / семестар

I или II семестар

7.

Број на ЕКТС кредити

6

8.

Наставник

Проф. д-р Игор Кузмановски

9.

Предуслови за запишување на предметот

10.

Цели на предметната програма (компетенции):
Изучување на методите за моделирање на протеин-лиганд интеракциите. 

11.

Содржина на предметната програма:
Сврзувачки и несврзувачки интеракции, Методи за препознавање на молекулските интеракции (host-guest комплекси, ефекти на растоврувачот, варијации на енталпијата/ентропијата, водородно сврзување, поларизација), Концепт на биофори (фармакофори, методи за препознавање на фармакофорите, постапки за наоѓање фармакофорите, примена на концепотот за биофори, генерирање на водечки супстанци), Рецептор-лиганд интеракции (теорија за сврзување на лигандите, кинетика на сврзувањето, карактеризација на рецептор-лиганд комплексите), Водородните врски во протеин-лиганд комплексите (значењето на водородните врски, физичка карактеризација на водородните врски, важноста на водородните врски при дизајнот на нови лекови, оптимизација на инхибиторите), Силни водородни врски, слаби водородни врски C–H … X водородни врски, π-стацкинг
Принципи на моделирањето на протеин-лиганд интеракциите. 

12.

Методи на учење:

13.

Вкупен расположив фонд на време

180

14.

Распределба на расположивото време

30+60+15+15+60

15.

Форми на наставните активности

15.1.

Предавања- теоретска настава.

30

15.2.

Вежби (лабораториски, аудиториски), семинари, тимска работа.

60

16.

Други форми на активности

16.1.

Проектни задачи

15

16.2.

Самостојни задачи

15

16.3.

Домашно учење - задачи

60

17.

Начин на оценување    

17.1.

Тестови

17.2.

Индивидуална работа/проект (презентација: писмена и усна)

17.3.

Активност и учество

18.

Kритериуми за оценување (бодови/ оценка)

до 50 бода

5 (пет) (F)

51 до 60 бода

6 (шест) (E)

61 до 70 бода

7 (седум) (D)

71 до 80 бода

8 (осум) (C)

81 до 90 бода

9 (девет) (B)

91 до 100 бода

10 (десет) (A)

19.

Услов за потпис и полагање на завршен испит

Следење на предавања и консултации

20.

Јазик на кој се изведува наставата

македонски

21.

Метод на следење на квалитетот на наставата

анонимна анкета
разговор со студентите

22.

Литература

22.1.

Задолжителна литература

Ред. број

Автор

Наслов

Издавач

Година

1.

H. Kubinyi, G. Folkers, Y.C. Martin (Eds.)

3D QSAR in Drug Discovery – Ligand-Protein Interactions and Molecular Similarity 

Kluwer Academic Press

2002

2.

E.H. Kerns, L. Di (Eds.)

Drug-like Properties: Concepts, Structure, Design and Methods

Elsevier

2008

3.

H.-J. Bohm, G. Schineder (Eds.)

Protein-Ligand Interactions

Wiley-WCH

2003

4.

5.

22.2.

Дополнителна литература

Ред. број

Автор

Наслов

Издавач

Година

1.

T.E. Creighton

The Biophysical Chemistry of Nucleic Acids & Proteins

Helvetian Press

2010

2.

3.