Лабораторијата за наноматеријали располага со нов, софистициран микроскоп со скенирачка сонда кој е набавен со финансиска подршка на Владата на Р. Македонија во рамките на проектот за опремување на научно-истражувачки лаборатории. Станува збор за еден од последните модели на микроскопи со скенирачка сонда – SPM 9600, произведен од Schimadzu, кој ни овозможува да ги изучуваме површините на нашите системи со помош на две техники: скенирачка тунелирачка микроскопија (STM) и микроскопија темелена на атомски сили (AFM). Овие техники, се вбројуваат во клучните алатки за изучување на наноматеријалите и всушност истражувањата во областа на наноматеријалите се интизивираат после патентирањето токму на овие две техники (прво STM, а потоа и AFM).
Лабораторијата за наноматеријали има истражувачки, но и потенцијално апликативен карактер. Со помош на опремата која е набавена за оваа лабораторија може да се изучува површинската морфологија, како и својствата на површините на испитуваните примероци т.е. да се генерира тродимензионална слика на површината на примерокот со многу висока резолуција. Скенирачката тунелирачка микроскопија (STM) има лимитирана примена во однос на природата на примерокот. Со помош на оваа техника може да се изучуваат спроводливи примероци, но и покрај ограничената примена, STM и понатаму претставува моќна алатка која наоѓа голема примена за карактеризација, како и за фундаментални студии на површините на металите и полуспроводниците. За разлика од STM, со помош на AFM можe да се испитуваат различни видови примероци (од многу тврди површини како, на пример, керамички материјали до многу меки материјали како, на пример, полимери, понатаму диспергирани метални наночестички, биолошки важни материјали: протеини, клетки, индивидуални молекули на ДНК итн.) со висока резолуција и точност.
Освен за морфолошка карактеризација, AFM и STM може да се користат за дизајнирање на површините на нано-скала, AFM може да се користи за изучување на силите на интеракција меѓу одреден објект, нанесен на површината на супстратот, следејќи точно пропишана процедура, и AFM-иглата. Исто така, доколку постоечката конфигурација се надогради со соодветни додатоци, би можеле да се изучуваат оптичките, електричните и магнетните својтва на површините на испитуваните примероци.