Катедрата по хемија започна со работа во 1946 година, заедно со другите студиски групи на Филозофскиот факултет - прва на кој наставата почна да се изведува на македонски јазик. При првиот упис на студии по хемија се запишуваат 56 студенти.
Почетокот на работата на новоформираната студиска група, меѓутоа, одеше многу тешко. Од наставен кадар по хемија имаше само еден асистент (Димче Тошев), а редовна настава се изведуваше само по математика (проф. Митриновиќ), по физика (проф. Живковиќ) и по руски јазик. На крајот од учебната 1946/47 година, од страна на проф. Лебедев од Белградскиот универзитет, е одржан скратен курс по неорганска хемија. Бидејќи се сметало дека курсот е недоволен, испити не биле изведени.
Кон крајот на истата учебна година проф. Димитров од Софискиот универзитет одржал концентриран курс по минералогија. Потоа биле изведени испити по овој предмет, а и по математика и по физика.
Во учебната 1947/48 година Димче Тошев е избран за предавач по неорганска хемија, а д-р Јосиф Јанчулев за предавач по органска хемија. Така, во втората учебна година почнала да се изведува редовна настава и се полагале испити по овие два предмета. Во таа учебна година се изведувала настава и по физика (предавањата ги држи проф. д-р Марин Каталиниќ).
Следната (1948/49) година за предавач по аналитичка хемија е избран д-р Крсто Ставриќ кој внел многу живост во организирањето на хемиските лаборатории и во изведувањето на вежбите. Истата година, за изведување настава по хемиска технологија ангажиран е инж. Василев, а наредната година почнала настава и по биохемија (предавањата ги држел проф. д-р Божидар Белија). По смртта на инж. Василев наставата по хемиска технологија ја презел инж. Јован Златановиќ. Во 1951 година за наставник по физичка хемија дошол проф. д-р Гилберт Флумиани. Во текот на 1951 година за асистенти биле избрани Јованка Матвеева и Иван Петров, а во 1952 година и инженер Невенка Антонова. Во учебната 1954/55 година биле избрани тројца нови асистенти (Мирослава Јанчевска, Милка Јанева и Даринка Коцева), а во 1957 г. уште тројца други (Александар Николовски, Бојан Подолешов и Благоја Топузовски).
Работата на Катедрата по хемија почнала без каква било материјална база. Во текот на првата учебна година (1946/47) предавањата биле одржувани во просториите на Природно-научниот музеј, во зграда лоцирана во близина на плоштадот “Маршал Тито”, некаде спроти Главната пошта. Во наредната учебна година наставата се одржувала во училиштето “Браќа Миладинови” (зградата на ова училиште се наоѓала во близина на сегашниот комплекс од банки). Во предавалните на првиот кат од училиштето биле импровизирани хемиски лаборатории за изведување вежби, при што недостигот од хемикалии и стакларија (коишто тешко се наоѓаат на пазарот) бил надополнуван од поранешната аптека на д-р Крсто Ставриќ. Вежбите ги изведувале наставниците, а им помагале по двајца или тројца студенти-демонстратори.
За да се оспособат лабораториите за вежби, се работело по цели денови, па и ноќи. Во првите години се купени, од приватни лица, и првите книги и списанија, со што се ставени темелите на хемиската библиотека.
Зградата на Гази Баба е завршена во 1951 година и во неа, покрај катедрите по математика, физика, биологија и географија, преселена е и Катедрата по хемија. Во текот на 1952 и 1953 година се подготвени лабораториите за вежби по хемија и се комплетирани со сите потребни инсталации. Во 1960 година (во рамките на веќе конституираниот Природно-математички факултет), по иницијатива и со големо себевложување на проф. д-р Димче Тошев (а со сесрдна помош и на другите, во прв ред на проф. Гилберт Флумиани, проф. Јосиф Јанчулев, проф. Крсто Ставриќ и, подоцна, проф. Иван Петров), започнаа подготовките за изградба, а потоа и самата изградба на новата зграда на Хемискиот институт. Зградата е завршена и предадена во употреба во октомври 1968 година.
Со издвојувањето (во 1958 г.) на Природно-математичкиот оддел од составот на Филозофскиот факултет и со оформувањето на Природно-математичкиот факултет, Катедрата по хемија прерасна во Хемиски институт. Во Институтот се оформија три заводи: за неорганска и аналитичка, за органска и за физичка хемија. Прв шеф на Хемискиот институт беше проф. д-р Гилберт Флумиани, а функцијата шеф најдолго од сите ја вршеше основоположникот на Хемискиот институт проф. д-р Димче Тошев.
Отпрвин наставата за сите студенти беше еднаква. Се слушаа предавања и се работеа вежби по основните хемиски дисциплини - неорганска, органска и аналитичка (квалитативна и квантитативна) хемија, додека по биохемија се слушаа само предавања. Во наставниот план беа уште и предметите: математика, физика, минералогија, хемиска технологија и предвојничка обука.
Подоцна наставата се подели на две насоки - применета (завршените студенти од оваа насока добиваат звање инженер по хемија) и наставна. Во наставниот план беа внесени повеќе нови предмети. На ваков начин, со определени мали корекции, наставата се изведуваше сè до конституирањето на Хемискиот факултет.
На Хемискиот институт, во периодот од 1965 до 1975 г., повеќето постари асистенти (Василка Алексиќ, Методија Димески, Даринка Коцева, Мирослава Јанчевска, Милка Мицевска, Александар Николовски, Бојан Подолешов, Душанка Поцкова-Николовска, Благоја Топузовски, Бојан Шоптрајанов) станаа наставници. Во овој период беа примени и нови асистенти (Фроса Анастасова, Лилјана Андреева, Богдан Богданов, Марија Георгиева, Орхидеја Групче, Иван Грозданов, Илинка Донова, Зоран Здравковски, Иванчо Јанев, Глигор Јовановски, Благоја Јорданоски, Љиљана Клисарова, Биљана Минчева-Шукарова, Анета Мирчева, Симка Петровска-Јовановиќ, Мирјана Ристова, Трајче Стафилов, Киро Стојаноски, Блага Стојчева, Мира Трпковска, Катарина Чундева).
Во текот на 1956 и 1957 г. на научно усовршување беа испратени Димче Тошев (во Франција) и д-р Јосиф Јанчулев (во Загреб, кај проф. Баленовиќ). Подоцна и еден асистент (Иван Петров) замина на усовршување во Љубљана (кај проф. Хаџи). Поорганизирано испраќање на асистенти на стручно усовршување (предимно во поразвиените центри на поранешна Југославија, но и во странство) започна по 1960 г. Поголем број асистенти (и некои наставници) заминаа на научно и стручно усовршување, што многу помогна не само за нивниот сопствен развиток туку и за унапредување на вкупната работа (наставна и научноистражувачка) на Институтот. Имено, по своето враќање во Скопје овие наставници и асистенти во лабораториите на Институтот ги пренесуваа искуствата добиени во другите научни центри, а некои од нив ја донесоа и проблематиката за научноистражувачка работа на која и денес се работи.
Во 1959 г., на Природно-математичкиот факултет во Скопје е одбранета првата докторска дисертација (Димче Тошев), а во 1960 г. и втората (Иван Петров).
Во 1953 г., во Годишниот зборник на Факултетот се печатени и првите научни трудови на членовите на Катедрата за хемија. Трудови од членовите на Хемискиот институт подоцна почнаа да се појавуваат и во интернационални списанија (резултатите од нив се вклучени и во некои монографски публикации) и на тој начин станаа достапни на светската научна јавност. Хемискиот институт се здоби со високо научно реноме, не само во земјата, туку и во странство.
Како резултат на сè поразвиената научноистражувачка работа, во учебната 1973/74 г. почнаа да се организираат и постдипломски студии по неорганска и аналитичка хемија, по органска хемија и по молекулска спектроскопија.
Може, всушност, да се рече дека периодот од 1965 до 1975 г. е период во кој се случуваа промени што се од големо значење за натамошниот развиток на Хемискиот институт.
Во реформските зафати (процес со кој беше зафатен целиот Универзитет), преку интегрирање на кадрите што се занимаваат со истородна дејност, се формира Хемискиот факултет. Кадарот го сочинуваа наставниците, асистентите и лаборантите од поранешниот Хемиски институт на ПМФ и од катедрите по основните хемиски дисциплини на дотогашниот Технолошко-металуршки факултет.
Во текот на постоењето на Хемискиот факултет негови декани беа Димче Тошев (1976-1979 и 1983-1985 г.) и Иван Петров (1979-1983 г.), а продекани Бранко Попов и Александар Николовски (1976-1979 г.); Василка Алексиќ и Наум Николовски (1979-1981 г.); Марија Лазаревиќ и Благоја Топузовски (1981-1983 г.); Бојан Шоптрајанов и Димитар Великов (1983-1985 г.).
На Факултетот имаше четири институти: Институт за чиста и применета неорганска хемија, Институт за органска хемија и биохемија, Институт за аналитичка хемија и контрола во хемиската индустрија и Институт за чиста и применета физичка хемија. Конституирани беа пет фиксни насоки: за неорганска хемија, за органска хемија, за аналитичка хемија и контрола, за структурна хемија и електрохемија и наставна насока. Во рамките на постдипломските студии се разделија насоките за неорганска и аналитичка хемија, а се организираа и студии по електрохемија.
Недоследното спроведување на политиката на реформата се одрази врз наставната и научната работа во областа на хемијата. Еден дел од кадарот на Хемискиот факултет, во текот на 1977/78 г., се врати на матичниот (Технолошки, односно Металуршки факултет).
Во периодот на постоење на Хемискиот факултет, одреден број на асистенти по нивното докторирање, се унапредени во наставници (Глигор Јовановски, Вера Јордановска, Круме Калајџиевски, Илинка Спиревска, Корнелија Стојанова, Лидија Шоптрајанова), а беше примен Владимир Петрушевски како помлад асистент.
И покрај сите недоследности и не докрај обмислените решенија, Хемискиот факултет се развиваше релативно успешно. Имаше околу 65 наставници и соработници, наставната и научната работа се организираа и се одвиваа во рамките на четирите институти, а наставата по основните хемиски дисциплини (неорганска, органска, аналитичка, физичка и општа хемија) се изведуваше (целосно или делумно) и за Технолошкиот, Металуршкиот и Рударско-геолошкиот факултет, Факултетот за физика, за Интердисциплинарните студии по ПТО, како и за Медицинскиот, Стоматолошкиот, Фармацевтскиот, Биолошкиот и Шумарскиот факултет.
Постепено се вршеше интеграција на научноистражувачката работа на кадарот од двата поранешни факултета (ПМФ и ТМФ) и се работеа проекти во кои учествуваа наставници и соработници дојдени од тие факултети.
Притоа, започна интензивна меѓународна научна соработка.
Од скромните средства што беа на располагање, а потекнуваа од амортизацијата на опремата на Хемискиот факултет, се набавуваше лабораториска опрема што се употребуваше главно за осовременување на наставата. беа издадени и преиздадени повеќе учебни помагала, а се издаваше и Годишен зборник на Хемискиот факултет.
На Факултетот беше и редакцијата на новосоздаденото списание Гласник на хемичарите и технолозите на Македонија (главен уредник Бојан Шоптрајанов). Трудовите што тука се објавуваа редовно беа реферирани во Chemical Abstracts и така стануваа достапни на светската научна јавност.
Во процесот на т.н. рационализација на Универзитетот, дојде до разделување на Хемискиот и повторно формирање на Природно-математички факултет.
Како резултат на одлуките за т.н. флексибилна матичност, поголемиот дел од кадарот дојден од поранешниот ТМФ премина на новоформираниот ТМФ, а оној дојден од поранешниот Природно-математички факултет (заедно со тројца поранешни членови на ТМФ и двајца новопримени соработници) премина на новоформираниот ПМФ. На Природно-математичкиот факултет се конституира Институтот за хемија како работна единица. Во Институтот, како негови делови, влегоа Заводот за чиста и применета неорганска хемија (денес Завод за неорганска хемија), Заводот за органска хемија и биохемија, Заводот за аналитичка хемија и контрола во хемиската индустрија (денес Завод за аналитичка хемија) и Заводот за чиста и применета физичка хемија (денес Завод за физичка хемија). Декларирана задача на заводите е да ја организираат наставната и научната дејност по соодветните дисциплини.
Во периодот од конституирањето на Институтот за хемија, должноста шеф на Институтот ја вршеле: